В Таллине ЭПЦ арендует семь объектов недвижимости, некоторые из них переданы правительством Эстонии, а другие — администрацией города.

Власти столицы заявили, что город расторгнет договоры и в дальнейшем не будет поддерживать «частных лиц, организации и проекты, которые усиливают влияние РФ».

Викарий Таллиннской епархии Эстонской православной церкви Московского патриархата, тартуский епископ Даниил заявил, что государство не имеет права вторгаться в каноническую организацию церкви. Он заверил, что церковь будет отстаивать свободу вероисповедания, и выразил надежду, что в Эстонии не придётся столкнуться с ограничениями.

Как сообщал «Русский мир», в конце 2022 года парламент Эстонии лишил Эстонскую православную церковь финансовой помощи, убрав её из числа организаций, получающих региональные инвестиции. В том же году в МВД Эстонии требовали от главы церкви осудить слова главы Русской православной церкви о специальной военной операции на Украине.

В начале февраля власти Эстонии вынудили покинуть страну митрополита Таллинского и всея Эстонии Евгения. Таллин заявил, что глава Эстонской православной церкви якобы угрожает безопасности государства.

Эстонские власти хотят запретить деятельность в стране Московского патриархата. Министр внутренних дел Лаури Ляэнеметс предлагает объявить его террористической организацией, он собирается внести эту инициативу в парламент.