Последний из дореволюционных патриархов Адриан скончался в Москве 16 октября 1700 года. Естественно, все ждали, что в ближайшее время царь объявит, кто станет его преемником. Однако Пётр решил отложить выборы нового предстоятеля Русской церкви, ограничившись назначением Местоблюстителя Патриаршего престола. Им стал митрополит Рязанский и Муромский Стефан Яворский, имевший репутацию умеренного западника еи сторонника просвещения. Полномочия местоблюстителя были жёстко ограничены, особенно в вопросах управления церковными вотчинами. Для этих целей Пётр возродил Монастырский приказ, упразднённый в 1677 году его братом Фёдором Алексеевичем. Главной задачей приказа стало использование бывших церковных доходов на государственные нужды. В основном эти средства шли на войну со Швецией, но порой им находилось и более мирное применение, например, на театр, учреждённый на доходы Монастырского приказа.

Довольно скоро все поняли, что, пока Пётр жив, патриарха в Москве не будет, но многие надеялись, что после смерти царя-реформатора ситуация изменится, тем более что церковь, в завуалированной форме, регулярно напоминала прихожанам о ненормальности существующего положения – решением местоблюстителя Стефана Яворского во время литургии стали возносить имена четырёх вселенских патриархов.

Эти надежды окончательно рухнули 25 (14) января 1721 года, когда Пётр подписал указ о передаче церковного управления Святейшему правительствующему Синоду, состоявшему как из духовных лиц, так и из мирян. В том же году царь обратился к Константинопольскому патриарху Иеремии III с ходатайством о признании восточными патриархами Святейшего Синода. Просьба была уважена. В сентябре 1723 года Константинопольский и Антиохийский патриархи особой грамотой признали Синод своим «во Христе братом», обладающим равнопатриаршим достоинством.

Учредив Синод, Пётр стремился уничтожить не только патриаршество, но и саму память о нём. Личным указом царя было запрещено поклоняться патриаршим местам в Успенском соборе. Возношение имён вселенских патриархов прекратилось. Даже патриаршие посохи были отобраны в ризницу и опечатаны.

Что стояло за этим решением Петра, столь явно идущим вразрез с русской церковной традицией? Несомненно, «синодальная модель» во многом была обязана своим появлением Феофану Прокоповичу, которому царь поручил церковную реформу. Прокопович, будучи последовательным сторонником неограниченной царской власти, одновременно исповедовал резко антикатолические взгляды. Поэтому не удивительно, что он предложил реорганизовать церковное управление по протестантским образцам, когда главой Церкви является не епископ, а светский глава государства. Однако окончательное решение должен был принять царь. И если он согласился на создание Синода, то значит, это решение было близко именно ему.

Принято считать, что Пётр опасался патриаршества, памятуя об остром конфликте своего отца с Никоном, полагавшим «священство» выше «царства». Однако следует заметить, что этого противостояния Пётр не застал, поскольку Никон был окончательно осуждён за несколько лет до рождения будущего царя-реформатора. Так что на Петра, скорее, мог повлиять опыт общения с патриархами Иоакимом и Адрианом, которых он хорошо знал лично.

Возведённый на патриаршую кафедру в 1674 году Иоаким был последовательным ретроградом и противником любого сближения с Западом. Среди прочего патриарх решительно возражал против приёма на русскую службу специалистов-иноземцев, в том числе военных. Что же до тех иностранцев, которые уже служили в русской армии, то Иоаким под угрозой отлучения запрещал русским воинам не только «дружество имети» с сослуживцами-иноверцами, но и говорить с ними, есть вместе и даже хоронить их тела.

В годы патриаршества Иоакима русские войска совершили два не слишком удачных похода в Крым (дошли до Перекопа, однако из-за нехватки воды и болезней вынуждены были повернуть). По мнению патриарха, эта неудача стала Божьей карой за участие в походе офицеров-иноверцев: «Яко и нынешних лет, в Крымския походы, егда на крымских татар росийския царския полки ходиша, аз смиренный о всем вышеписанном яко старец сый глаголах не обинуяся, учих, и молих, и доносих началствующим с молением и написании, еже бы еретикам иноверцам над христианы в полках началниками не быти. И мене благородная государыня царевна София Алексеевна в том послушати тогда не изволила. …  И что содеяся в полках, каковыя поступки быша, многим зримо бе и есть всем ведомо, яко бесчестию и на славе многая страны приписаша, нужды же людския кто изочте и убытки?!» (Духовное завещание патриарха Иоакима).

В конфликте Петра и Софьи патриарх Иоаким принял сторону будущего царя-реформатора. Однако причиной этому стала излишне прозападная, по его мнению, политика царевны и её фаворита князя Голицына. Поддержав Петра, патриарх наивно полагал, что тот будет менее подвержен тлетворному влиянию Запада и станет твёрже хранить старомосковское благочестие.

Сменивший Иоакима Адриан был человеком более мягким и уступчивым и даже принимал – возможно, не совсем по своей воле – участие в некоторых новшествах, в частности, в строительстве флота в Воронеже. Однако и он был человеком старой закалки, не одобрявшим брадобритие, курение табака, немецкое платье и прочие петровские новшества.

Несмотря на старость и немощь, Адриан всё-таки иногда вмешивался в государственную политику. Так, он предпринял тщетную попытку смягчить участь стрельцов, арестованных после неудачного мятежа. По словам современника, когда молва о столь жестоких и ужасных пытках, производимых ежедневно, дошла до патриарха, тот счёл своим долгом обратить к кротости разгневанное сердце, направившись к царю с наиболее почитаемыми русскими иконами. Ходатайство, впрочем, окончилось ничем: Пётр грубо отослал патриарха, заявив, что карать и казнить преступников – его долг. А что было дальше, все мы видели на картине Сурикова.

В том, что среди русского духовенства есть немало противников его реформ, Пётр мог не раз убедиться и после смерти Адриана. Во время следствия по делу царевича Алексея всплыл следующий эпизод: когда Алексей признался своему духовнику Якову Игнатьеву в том, что желает смерти отцу, тот ответил ему: «Бог тебя простит; мы и все желаем ему смерти для того, что в народе тягости много». (Соловьёв С.М. История России с древнейших времён. Т. 17. Гл. 1). Тогда же был лишён сана и казнён епископ Ростовский Досифей, заявивший судившим его архиереям: «Только я один в сём деле попался. Посмотрите, и у всех что на сердцах?» (Мережковский Д.С. Пётр и Алексей. Кн. 8).

Несмотря на репутацию западника, неодобрение петровской политикой неоднократно высказывал и патриарший местоблюститель. Начиная с 1708 г. он пишет ряд проповедей, обличающих новые порядки: говорит о Валтасаре, пьющем из церковных сосудов (по поводу изъятия церковного имущества); протестует против насильственного пострига жён (явный намёк на развод Петра с царицей Евдокией), порицает брадобритие, нарушение постов и т. д. В марте 1712 г. Стефан Яворский произнёс в Успенском соборе резкую проповедь против фискалов, поставленных Петром надзирать над церковными судами. В ней местоблюститель противопоставил «порочные законы человеческие» закону Господню и заявил, что, пока в России разоряется закон Божий, она не получит мир.

Не доверяя русскому духовенству, Пётр последовательно назначал на высшие церковные должности выходцев с Украины. Однако лояльных кандидатов всё равно не хватало, поэтому многие вакантные кафедры пустовали годами: новгородская с 1716 по 1721 г., смоленская с 1704 по конец 1707 г., киевская с 1718 по 1722 г., иркутская с 1713 по 1721 г.

Пока Пётр был жив, оппозиционные настроения не могли проявиться в полной мере – за годы своего правления царь не раз доказывал, что не боится крутых расправ с несогласными. Но он не мог не опасаться, что после его смерти ситуация изменится: старомосковские круги попробуют взять реванш, сделав патриарха своим знаменем. И в этой ситуации вполне логично, что Пётр решил заранее принять необходимые «меры безопасности».

Как бы то ни было, Синод, созданный Петром, органично вписался в государственную структуру Российской империи. Поэтому синодальное управление просуществовало более трёхсот лет, т. е. пока не рухнул весь политический строй, созданный Петром Великим.